Diferente do Windows, eles não atrapalham o desempenho do sistema, mas pode deixar o HD com coisas que não são mais usadas.
Então vamos usar o Ubuntu Tweak, la existe uma ferramenta que lembra bastante o famoso Ccleaner.
Uma das suas diversas opções que vou começar a fala agora, e o Limpeza de Pacotes, ele remove as coisas que ficam no Hd mas não são usadas mais.
Primeiro instale o Ubuntu Tweak aqui: http://ubuntu-tweak.com/
Não se preocupe, ele vem no formato .Deb e se instala com o duplo clique.
Depois de instalado, vai em Aplicativos/Sistema/ Ubuntu Tweak.
Essa é a tela do Limpeza de Pacotes. http://img52.imageshack.us/img52/1357/tweak2.png
Destrave o serviço com a sua senha de adm. http://img42.imageshack.us/img42/5640/tweak3.png
Depois de destravado, seleciona as caixas ao lado direito, uma de cada vez, aparacendo aplicativos/configurações, selecione todos e faça a limpeza. http://img375.imageshack.us/img375/8391/tweak4.png
Ele remove até Kernel antigo que não será mais usado e fica na lista de inicialização do GRUB. http://img193.imageshack.us/img193/5968/tweak5.png
Pode remover tudo, o aplicativo é seguro, mas lembre-se que as configurações e pastas serão removidas sem retorno, então se você de repente desinstalou por exemplo o Conky, a pasta .Conky vaia para o beleleu. http://img64.imageshack.us/img64/5365/tweak6.png
Em breve falo mais do Ubuntu Tweak
ABSOLUTO® 10.4